16세기 조선에서는 수많은 천재들이 활동했다. 이 시기는 우리 역사에 새로운 기운을 일으켜 기회가 될 수도 있었지만 절체절명의 위기이기도 했다. 임금은 자신의 이익만을 추구했고, 갈래 갈래 나뉜 선비들 역시 자신들이 속한 당파를 위해 죽음을 불사한 전쟁을 벌였다. 사화인지 역모 사건인지 불분명한 기축옥사와 임진왜란 때문에 백성들은 전대미문의 고통을 겪을 수밖에 없었다.
조선천재 1000여명이 죽음으로 내몰린 사건의 시작점에는 정여립이라는 인물이 있었다. 조선을 뒤흔든 최대 역모사건이었던 기축옥사를 재구성한다. 기축옥사는 기축년(1589년)에 생긴 정여립의 모반사건을 시작으로 하여 정여립의 모반사건의 연루자를 색출해 나가는 과정에서 서인에 의해 동인들이 탄압을 받은 사건을 말한다.
문화사학자 신정일은 기축옥사에 얽힌 음모와 정여립과 그 모반사건에 개입되어 죽어간 천 여 명의 선비들의 진실을 이야기하고 있다. 정여립은 16세기 서로 다른 정치적 견해를 두고 싸우던 틈바구니 속에 천하공물설과 하사비군론 등을 주창한 혁신적인 사상가였지만, 또 다른 일각에서는 <정감록>의 참설을 퍼뜨려 왕조를 전복시키려 한 반역가라는 극단의 평을 들어야 했다.
또한, 기축옥사로 조선 선비 1000명이 죽은 후 3년 만에 임진왜란이 일어났고, 평양성을 비우고 철수하던 병조판서 황정욱은 조선이 왜 허무하게 무너져야 하는지 한탄하며 "기축옥사 때 정언신만 살았어도 이렇지는 않았을 것이다!"라고 절규할 만큼 기축옥사는 많은 젊은 천재들의 목숨을 앗아갔다.
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프롤로그 _ 조선 천재들은 왜 새로운 세상을 꿈꾸었는가?
제1부 천재들이 벌인 참혹한 전쟁
1. 한 통의 비밀 장계 _ 눈물을 흘린 이유로 죽은 자들, 조대중과 김빙
2. 선비들의 시대, 대격돌의 시대 _ 승려들의 희생, 서산대사와 사명당
3. 천재 중의 천재, 정여립 _ 그를 천거한 두 사람의 비극, 노수신과 백유양
4. 돌이킬 수 없는 배신 _ 그가 배신한 두 스승, 이이와 성혼
5. 선조의 두 얼굴 _ 선조의 왼팔과 오른팔, 유성룡과 이항복
6. 상소 공방전과 대동계의 비밀 _ 죽이는 자와 죽는 자, 정철과 최영경
7. 얼굴 없는 주인공 _ 얼음과 불의 엇갈린 운명, 송익필과 이발
8. 죽음의 고발자 _ 최대의 피해자들, 정언신과 정언지
9. 선조가 지시를 내리다 _ 당의 운명을 걸고 맞서다, 이산해와 조헌
10. 정철의 몰락 _ 사제 간의 비참한 말로, 박순과 정개청
제2부 비망록 - 기축옥사의 숨겨진 진실을 찾아서
1. 실패한 혁명인가 억울한 옥사인가
2. 논쟁의 불꽃이 튀다
3. 반역의 고향에 관한 이야기들
4. 아름다운 꿈, 대동
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