이 후 1919년 중건하였으나 1944년 탑정저수지가 완공되어 수물됨에 따라 현위치에 단소를 설치 단제를 지내왔으며 현재 휴정서원은 1984년 사우를 복설하고 1985년 3월 20일 구봉 송선생을 주향으로 8위의 위패를 봉안하고 음력 3월 20일과 9월 20일에 춘추 향사를 봉행하고 있다.
한편 이례적으로 이날 추향제 아헌관을 맡아 집례한 김종민 민주당 전 충남도부지사는 휴정서원이 주벽으로 모신 구봉 송익필 선생은 기호학의 큰 어른인 사계 김장생 선생을 가르친 조선8대문장의 한분으로 사실상 성리학을 사람의 도리를 밝히는 예학의 승화사키는데 크게 기여한 어른으로 알고 있다며 우리사회가 부모는 자식을 사람으로 감싸안는 자[慈]의 정신과 자식은 부모를 지성으로 섬기는 효[孝]가 조화를 이루는데서 사람 사는 세상을 가꿔 갈수 있을 것으로 본다고 말했다.